Una de las herramientas interesantes que vienen con el Zend Framework 1.6 es Zend_Tool. Se trata básicamente de una utilidad para automatizar la creación de carpetas/documentos iniciales en un proyecto (al estilo ruby on rails).
Es bastante interesante porque te ahorra bastante tiempo y te ayuda a que tus proyectos sean más «estándar».
Teneis un artÃculo con ejemplo incluÃdo en la Zend Developer Zone: Using Zend_Tool to start up your ZF project.